La Cripta occupa il sottosuolo del transetto e delle tre absidi. Originariamente vi si accedeva attraverso due scale a chiocciola, eliminate nel 1863 e sostituite da due scale a rampa.
Nel corso del Seicento fu decorata per volere della Confraternita dei Mercanti – detta degli Schiavi di S. Maria – con stucchi, dorature e affreschi, alcuni restaurati o rifatti nel 1858.
La Cripta della Basilica Cattedrale di Messina è coeva alla fondazione normanna del tempio sovrastante.
Le volte a crociera sono sorrette da antiche colonne da riutilizzo di epoca greco-romana e bizantina provenienti da strutture cittadine, mentre i capitelli sono di puro stile romanico.
L’intero ciclo di stucchi, molto probabilmente su disegno dell’artista fiorentino Innocenzo Mangani, è l’unico esempio completo rimasto a Messina di questa particolare tecnica decorativa.
Dopo il terremoto del 1783, per consolidare le fondamenta delle absidi fu innalzato fra le file delle colonne laterali un muro che ha trasformato la pianta dell’edificio.
Recentemente sono stati effettuati lavori di impermeabilizzazione che hanno consentito anche il recupero di strutture originarie.
Buona parte dei dipinti che decoravano le pareti, opere del XVII^-XVIII^ secolo di Antonio Tricomi, Antonio Tuccari, Antonio Bova e Mercurio Romeo, è conservata nei depositi del Museo Regionale e, una volta completati i lavori di restauro, potrebbe ritornare nella sede originaria.
